МИД рекомендует в первую очередь избегать посещения Нагорного Карабаха, поскольку на границе между Азербайджаном и Арменией вероятны перестрелки. Ведомство отмечает, что использование авиасообщения в этой местности также может оказаться небезопасным.
В Азербайджане нет ни посольства, на почетного консульства Эстонии. В случае чего для получения консульской помощи следует обращаться в посольство Латвии в Баку или в ближайшее представительство одной из стран Евросоюза.